星汉灿烂的阿母抛下女主的原因是：阿母萧元漪和曲陵侯程始接到了文帝让他们支援孤城的军令，加之女主程少商年纪尚小，于是在大母和葛氏带着女儿出征不利于征战的蛊惑下。

阿母萧元漪就抛下了女主角程少商带着三子程少宫前往了孤城救援。